En Debian con GNOME

Simplemente hay que comentar (#) la siguiente línea del fichero /etc/pam.d/gdm3:

auth required pam_succeed_if.so user != root quiet_success

que pasaría a:

# auth required pam_succeed_if.so user != root quiet_success

Referencia: http://www.elrincondetolgalen.com/2012/07/06/permitir-acceso-a-root-con-gdm-3-en-debian/